由于氣調庫的特殊性，氣調庫的安全管理也是一項十分重要的工作。
1、庫房圍護結構的安全管理。氣調庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內外溫度變化，在運行過程中可能引起圍護結構內外的壓差變化。當壓差超過一定限度后，圍護結構會遭受破壞，這點要引起注意，不要因設量了安全閥和調氣袋而掉以輕心。
2、人員安全管理。操作管理人員一定要掌握氣調庫的安全知識:氣調庫內的氣體不能維持人的生命安全，不能像進入冷庫那樣貿然進入氣調庫，進入人員必須熟練掌握呼吸器的使用方法。為了更好地保證人身安全，必須采取以下措施:
a、在每扇氣調庫的氣密門上書寫醒目警示標志:“危險!庫內缺氧，未戴氧氣面罩者禁止人內”。封庫后，氣密門以及小門應加鎖，防止閑雜人員誤入庫內。
b、需要進入氣調庫內維修設備或檢查貯藏物質量時，必須2人同行，且均要戴好呼吸面罩，一人入庫，一人在觀察窗外進行密切觀察，嚴禁兩人一同入庫作業。
c、至少備有兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查工作可靠性。
d、經常性地開展安全教育，使全體操作和管理人員樹立強烈的安全怠識。
