水冷式冷凝器的除垢方法有很多種，可根據不同形式的冷凝器使用不同的方法除垢。
1.人工清除法
用扁鏟和小錘沿管道外表面敲擊，將管外的水垢清除。這種方法適用于淋激式冷凝器。
若是需清除殼管式冷凝器管內水垢時，可用螺旋形鋼絲刷在管道內拉刷。人工除垢的方法簡單，但除垢效果不好，效率低，而且勞動強度大。
2.機械清除法
這種方法適用于清除殼管式冷凝器的管內水垢。將臥式殼管式冷凝器兩端的封頭拆下，若是立式殼管式冷凝器則將接水板拿掉，用管道疏通機進行除垢。
在管道疏通機的鋼絲軟軸上接上特制的刮起刀，將刮刀和鋼絲軟軸插入冷卻管內，開動管道疏通機就可以刮除水垢。
3.化學除垢法
(1)冷凝器停止運行后除垢通常采用酸洗法，可從市場上購買除垢劑作為酸洗液，也可自行配制濃度為10%的鹽酸溶液。
將系統中的制冷劑抽出，關閉冷凝器進、出水管，并拆下進、出水管的接管。將準備好的耐酸泵、酸洗器(酸洗他)及連接管道接在冷凝器的冷卻水進、出口處，構成酸洗裝置。啟動耐酸泵，酸洗液沿冷凝器管道和酸洗器循環流動。溶解冷凝器管道中的水垢。酸洗液的pH很小，與水垢反應時pH會升高。清洗過程中應每30min測定一次pH，直到pH不再升高(說明水垢已清除干凈)，將酸洗液中和后排掉。然后用1%的氫氧化鈉溶液對冷凝器進行循環中和清洗15min，再用清水沖洗，即可恢復冷凝器的使用。
(2)冷凝器運行時除垢目前除垢劑的品種很多，運行去垢劑可直接加在冷卻水中進行除垢，使用時制冷系統不必停止運行。
將運行去垢劑按系統冷卻水量0.1%的比例加入冷卻水中，隨著運行去垢劑與冷卻水混合均勻，在運行中達到除垢的目的。除垢期為20~30d。除垢期間水池中的白色鹽類沉淀物應經常排污，并及時補水、補藥，以保證運行去垢劑的濃度。除垢后系統可正常運行。
4.蒸發式冷凝器的除垢
蒸發式冷凝器受結構形式的限制，其除垢很困難。有的制冷系統在進行蒸發式冷凝器除垢時，反復采用熱泵循環，將蒸發式冷凝器管外污垢與金屬管同時加熱，利用其與金屬熱脹冷縮量不同的性能，經降溫使翅片管上的水垢脫落。但這種操作復雜，實際效果不好，一般很少使用。通常對冷卻水進行軟化處理以防止蒸發冷凝器結垢。
(1)蒸發式冷凝器的水系統中初期注入的水應經過水處理，最好初期注入的是蒸餾水。
(2)在循環水管上安裝磁水除垢器。冷卻水進入冷凝器前流經除垢器的橫向磁場，改變了結晶條件，使構成水垢的碳酸鈣結晶疏松而呈渣狀，且附著力極低，極易被冷卻水沖走，然后在水池中沉淀，故可定期排出。
(3)在冷卻水循環水池內加入0.01%的運行去垢劑或0.5%的鍋爐除垢劑，使水池內的冷卻水軟化。這種方法簡單易行，只需經常排除水池下部沉淀的鹽類物質，應注意水中的藥物濃度，就可防止蒸發式冷凝器結垢。
冷凝器的除垢是非常短效的，雖然已有的除垢方法有長期的效用，但需用管理的輔助手段來加強。國外還用臭氧等方法加上自動程序來定時除垢，以達到長期除垢的目的。
