向蒸發器供液。根據庫房的熱負荷情況，適當開啟調節站有關供液膨脹閥，向蒸發器供液，并根據庫房的溫度適當調節。如果系統采用氨泵供液，則應按照氨泵的操作規程起動氨泵。
調整中間壓力。中間壓力取決于低壓級壓縮機的排氣量、中間冷卻器的蒸發量和高壓級壓縮機的吸氣量。中間壓力應與蒸發壓力和冷凝壓力相適應，當高、低壓級制冷壓縮機的容積比為1:2時，中間壓力為0.25~0. 35MPa;當容積比為1:3時，中間壓力應控制在0.35~0. 4MPa，最高不得超過0. 4MPa。在實際運行調節中，應盡可能接近最佳中間壓力，使運行的制冷系數最大、能耗最少。
在操作中，一般可以通過調整低壓級壓縮機的排氣量、增減壓縮機運轉臺數的方法，來調整中間壓力。例如，當蒸發溫度過高，尤其是停機后初開機器時，將會使中間壓力過高。此時，應關小低壓級壓縮機吸氣閥或減少能量調節閥擋數，減少排氣量，以降低中間壓力。
運行調控。雙級氨制冷壓縮機組運行調控的工作內容，同單級機運行調控的工作內容相似，但具體的參數有所不同。此外，要格外注意對中間壓力及機組吸、排氣溫度的監控，以防止濕行程的發生。
例如，在運行中，如果低壓級壓縮機的吸、排氣溫度急劇降低，應先關小低壓級壓縮機的吸氣閥，再關小調節站的有關供液膨脹閥。如果高壓級壓縮機的吸、排氣溫度急劇降低，應先關閉中間冷卻器供液閥，關小高壓級壓縮機吸氣閥，再關小低壓級壓縮機吸氣閥。
