無論是水冷活塞式鹽水機組還是水冷螺桿鹽水機組，是不同濃度的鹽水，而且應用溫區不同，因此在設計、應用和選型中有些需要特別注意的問題：
1)機組蒸發器設計時，必須考慮所適用的載冷劑的換熱特性和腐蝕特性，蒸發器的換熱性能和耐蝕性要和所適用的載冷劑相匹配，并且要考慮一定的腐蝕余量。
2)載冷劑的選擇。不同的載冷劑的化學成分和濃度不同，因此首先應根據腐蝕、衛生等條件選用經濟合理的載冷劑化學成分，其次要根據所需的最低制冷溫度配置適當濃度的載冷劑。載冷劑濃度過高容易造成載冷劑輸送泵功率大，載冷劑初投資大;載冷劑濃度偏低，則燕發器凍結風險大。載冷劑選擇好后，應當咨詢鹽水機組制造廠家提供的鹽水機組的蒸發器是否按所選載冷劑的腐蝕性和換熱特性設計。
3)選擇適當容量和溫區的鹽水機組。鹽水機組是按照一定溫區設計的，即使是同一型號的壓縮機應用于不同溫區的鹽水機組，其蒸發器等系統元件匹配也不相同，當實際運行溫區長期高于設計溫區時，容易造成吸氣溫度過高而使壓縮機電動機過熱;當實際運行溫區長期低于設計溫區時，一方面機組的實際溫度達不到要求的溫度，另一方面容易造成回油困難而導致壓縮機潤滑失效。
4)制冷機組是否要適應變溫區或能最調節運行。當希望同一臺鹽水機組能運行于不同溫區或具有能量調節功能時，往往需要制造廠家對鹽水機組進行特別設計，以確保機組能安全可靠地運行。
5)運行中注意檢測鹽水濃度和pH值。鹽水機組系統在實際運行中隨著時間的變化鹽水濃度往往會降低，如果不及時檢測鹽水濃度，就存在凍結鹽水系統的危險;而鹽水pH值的變化則會影響管路系統的腐蝕。
6)注意觀察機組潤滑油回油和排氣溫度的變化。
