保護劑的配方對于不同的產品，有各自不同的保護劑配方，其配方組成應根據試驗確定。保護劑配方組分中一般應包括凍干和儲存時的保護劑，形成團塊的膠體，羰基中和劑和干燥緩沖劑。質量分數低于4%的溶液還要加填充劑。如果升華時擱板溫度始終在0℃以下，則可以不加干燥緩沖劑。
凍干溶液的配方應注意使溶液濃度適當。一般質量分數在4%~25%之間。而且認為最佳質量分數為10%~15%，對于糖類則為5%~10%。質量分數太高會使干燥發生困難。保護劑的選擇還應考慮崩解溫度（表13）不能太低，否則干燥溫度低，干燥時間長，甚至是設備能力所無法達到的。不同配方的保護劑，對干后產品殘余水分含量也有一定影響。
對于某種活性物質確定一個通用的配方是困難的，應根據預先檢驗活性物質與保護劑混合的試驗結果來選擇保護劑。每個實驗室都有自己的配方。作為實例舉幾例如下。
凍干活菌菌苗所用的保護劑如表3-2所示，凍干活毒用保護劑如表33所示。
