食品凍干機與醫藥凍干機的工作原理、工藝過程雖然都差不多，但還是存在許多差異的。原因如下。
①產品發展的道路不同，設計中考感的重點也不相同。凍干藥品單份用量小，售價貴，加工費所占比例小。藥品是患者的必購品，市場需要是客觀存在的，因而加工費用，能耗可不作重點考慮。
但藥品直接進入患者（人或動物）體內，甚至血管中，其安全性（無污染）、有效性（細菌的存活率或藥品的效價）是設計中首先要考慮的間題。20世紀80~90年代以來醫藥凍干機是在貫徹GMP的推動下，不斷完善和發展的。凍干食品單份使用量大，售價低，加工費相對較大；加之一般情況下，不是消費者的必需，要占領市場，其成本和價格是首先要考慮的（當然亦要保證質量）。這也是食品凍干機不斷更新換代的推動力。這種不同的發展思路，自然形成了不同的設計理念。
②制品形態不同。藥品凍干前多配制成稀溶液，凍結后成為一緊密的冰團，而固態食品經切分裝盤后，在盤中為松散的堆積物。這就帶來設備結構和加工方法等一系列差異。
