傳熱方式正如前述，配成溶液的藥品在瓶（或托盤）中凍結后成為與瓶（或盤）緊密接觸的冰團。冰的導熱性能較好，因而一般醫藥凍干機目前定型為藥品瓶（或托盤）直接放在能制冷和加熱的擱板上進行預凍和干燥。為了使傳熱良好，要求擱板平整光潔，其不平度公差小于1mm/m，許多廠家還生產抽底托盤，讓制品瓶直接放在擱板上。而固態食品為置于托盤中的松散堆積物，食品間有空隙，在真空下其導熱性能很差。因此周態食品凍干機（亦可加工液態食品）目前定型為托盤懸置于兩輻射加熱板之間的形式。這種方式的輻射加熱板溫度比擱板高、干燥快、效率高。為了增強輻射放熱，要求加熱板兩表面的輻射系數高達90%一95%以上。至于加熱板的平整度，要求就不那么嚴格，但必須保證裝料后，托盤底（包括支架）和物料頂與輻射板上、下兩表面間有足夠的距離（如不小于5~10mm）。
