清洗管的布置應(yīng)保證箱、阱內(nèi)所有零件表面都能徹底清洗干凈。例如，凍干箱中一般在其四角豎直安設(shè)清洗水管，以能清洗箱壁、箱門、擱板和其他箱內(nèi)零件。在水管上布置噴嘴時，其頂部安裝球形噴頭。清洗泵起動后，噴嘴前的水壓超過1.5MPa，清洗水呈霧狀噴出，清洗各噴嘴所負(fù)責(zé)的零部件表面。與此同時，擱板作上、下運(yùn)動，以便將擱板所有表面徹底清洗。清洗完后，殘水由箱底匯集從排水管排出。
一般來說清洗水不重復(fù)使用，因為循環(huán)清洗有造成全面污染的可能。若分粗洗、精洗兩次清洗，則粗洗可用循環(huán)水，但其水罐必須與精洗的水罐分開，且精洗不得用循環(huán)水。為了節(jié)約設(shè)備投資，幾臺凍干機(jī)可共用一套清洗系統(tǒng)，圖74所示的為兩臺凍干機(jī)
共用一套CIP的系統(tǒng)圖，其清洗步驟如下：先向罐1注滿去離子水，啟動泵2對凍干機(jī)進(jìn)行噴淋，考慮到箱內(nèi)可能有粗的固體顆粒，打開箱體直排閥排掉清洗完的水。當(dāng)泵2出口處的流量探頭感應(yīng)到?jīng)]有水時，切斷泵2.再次向罐1注滿去離子水，啟動泵2，隨后，啟動泵1進(jìn)行循環(huán)清洗。一段時間后關(guān)閉泵1，打開箱體直排閥，排掉清洗完的水。最后向罐2注滿注射用水，啟動泵2對凍干機(jī)進(jìn)行最后噴淋，同時打開箱體直接閥排掉洗完的水。考慮到無菌性，清洗罐必須設(shè)計成可滅菌的，清洗罐內(nèi)還需設(shè)計高位和低位兩個液位控制開關(guān)。
