瓶裝凍干的瓶子有安瓿、小玻璃瓶和血漿瓶。
人血漿凍干一般用標準的輸血用瓶分裝，其容量為每瓶250
~500mm3，用殼狀凍結器凍結后，儲存在一30℃冷庫中備用。
凍干時可在多歧管凍干機上干燥，或裝人鋁塊的盲孔中，在擱板凍干機上干燥。
人用生物制品、藥品凍干過去多用安瓿，這是因為安瓿價廉，劑量合適，且用熔封，其密封可靠。為了采用機械加塞密封，現在多采用平底小玻璃瓶（西林瓶）。小玻璃瓶用抽底托盤裝人干燥箱后，將盤底抽出，使瓶底與擱板直接接觸，利于擱板向制品傳熱和使所有制品的溫度均勻。
模制玻璃小瓶為凹底、且壁厚、內徑不規則，采用機械加塞困難。吹模薄壁小瓶或管子拉制小瓶，其實體均勻，底平。有精確的瓶頸瓶口和高度，適于在真空干燥箱內機械壓塞。
用于真空干燥箱內機械壓塞的瓶塞常用丁基橡膠制造，形狀如圖7-7所示，頂部為塞蓋，中間為直徑與瓶口內徑配合很緊密的圓柱部，下部為帶槽（或缺口）的支撐部。在產品分裝后，由半加塞機將瓶塞放在瓶口上。干燥時，升華出來的水蒸氣可以從支撐部的缺口或槽中順利地逸出瓶外。干燥完畢后，用機械壓下瓶塞，使其圓柱部分進入瓶口，起到了密封作用。產品出箱經檢驗合格后，
用蠟封或壓上鋁帽，即可出廠。瓶塞在使用前需進行表面硅化處理以利潤滑。
所謂硅化處理，就是在瓶塞表面涂抹一薄層硅油，以使壓塞時瓶塞易于進人瓶口。硅化處理的方法有多種，有干式涂抹和濕式浸泡。濕式浸泡是將洗凈的塞子放人清潔的不銹鋼容器內，加放無熱源水沒過瓶塞高度25mm左右，按1kg瓶塞用0.2mL硅油的比例在水中加人硅油，不斷攪拌瓶塞，硅油將會均勻地涂布到塞子的所有表面（也可以用質量分數為2%~5%濃度的硅油乳化液浸泡，這時可不攪拌瓶塞），然后將瓶塞撈出，用空氣干燥或真空干燥法使瓶塞干燥，再進行高壓蒸氣消毒，即可使用。
硅化用的硅油應為醫用硅油，其運動粘度為350cSt左右，應對產品不起生物和化學作用。
安瓿一般用中性玻璃或硼硅鹽玻璃制成，容量為0.5、2.5、
5.0、10mm3.為了熔封方便，在瓶頸處制成一個收縮口，收縮口必須有足夠的通道供溶液進入和水蒸氣逸出，其位置應遠離產品，以免熔封時使產品過熱。
現在也有少數凍干機中采用能在真空箱內機械壓塞的特殊安瓿，其形狀如圖78所示。塞子的形狀與小玻璃瓶的帶槽塞子一樣，所不同的是安瓿在機械壓塞后仍需熔封，用過的瓶塞可以廢棄，也可以重復使用。這種安瓿比一般安瓿高，因而誠少了凍干機的容量。
