凍干機(jī)的清洗有手工清洗和機(jī)械在線清洗，現(xiàn)代醫(yī)藥凍干機(jī)多采用機(jī)城在線清洗（CIP）。
清洗方式根據(jù)機(jī)器的不同狀況，清洗程序各不相同，在潔凈環(huán)境下，利用凍干箱使用的間隙時(shí)間進(jìn)行的日常清洗有下列一些方式
①清洗水由水泵吸人經(jīng)管道閥門，噴嘴沖洗凍干箱、冷阱等的內(nèi)部表面，將污染物和雜質(zhì)帶走，污水從底部排出。一般來說，清洗水不得循環(huán)使用，因?yàn)檫@樣有造成全面污染的危險(xiǎn)。但是有的生產(chǎn)廠家為了節(jié)約清洗水，將整個(gè)清洗過程分成粗洗和精洗兩個(gè)階段。在清洗水系統(tǒng)中多設(shè)一個(gè)粗洗水槽，粗洗時(shí)，用此水槽作儲存容器進(jìn)行循環(huán)清洗。精洗時(shí)，將清洗水系統(tǒng)與此水槽斷開，清洗水只作一次性使用。
②用一定濃度的碳酸氫鈉或氫氧化鈉水溶液，經(jīng)噴淋循環(huán)清洗，然后用一次性蒸餾水沖洗，且陪徹底清洗干凈，不得留有清洗劑的殘留物。
③更換凍干品種時(shí)，若凍干箱內(nèi)的殘留物靠沖洗較難干凈，則需先用清洗劑手工擦洗，然后用蒸餾水機(jī)械沖洗。
清洗完后，用軸空或吹入無菌干燥空氣（氣體）進(jìn)行干燥。
