在有些情況下，中央空調系統需要清洗但又不能停止供冷或供暖，此時就要采用不停機的化學清洗方法。為了避免在清洗時出現短路現象，清洗過程中要根據系統不同部位的情況分別單獨開啟或關閉，以保證中央空調系統任何部位都能得到充分的清洗而無死角。
對于冷卻水系統，通常利用冷卻塔的集水盤（槽）作為配液容器。將各種清洗藥劑直接加入冷卻塔的集水盤（槽）中，通過冷卻水的循環流動，將清洗藥劑帶到系統各處產生清洗作用。
對于冷凍水系統，則利用膨脹水箱或外接配液槽來加入清洗藥劑。當使用膨脹水箱加藥時，要在加藥后，從系統的排污口排除一些冷凍水，使膨脹水箱的藥劑能吸人系統中。當使用外接配液槽時，配液槽與系統的連接管要接在冷凍水泵的吸入口段。在清洗藥劑吸入系統后，藥劑會隨冷凍水循環流到系統各處，同時產生清洗作用。
由于不停機清洗不存在清洗后系統不使用的問題，因此在清洗后也就不需要鈍化而只需要預膜。此外，一般在使用的中央空調循環水系統中，油污存在的可能性不大，因而也不需要進行堿洗處理。此時，中央空調循環水系統不停機化學清洗的程序為：
殺菌滅藻清洗→酸洗→中和→預膜
1）殺菌滅藻清洗
殺菌滅藻清洗的目的、要求同停機清洗，只是在清洗結束后不一定要排水，當系統中的水比較渾濁時，可從系統的排污口排放部分水，并同時由冷卻塔或膨脹水箱將新鮮水補足以達到使濁度降低即稀釋的目的。
（2）酸洗
酸洗的目的、要求與停機清洗基本相同，所不同的是：在酸洗前要先向系統中加入適量的緩蝕劑，待緩蝕劑在系統中循環均勻后再加入酸洗劑。一般不停機酸洗要在低PH值下進行，通常維護pH值在2.5~3.5之間。
在酸洗過程中，可以加人一些表面活性劑，如多聚磷酸鹽等來促進酸洗效果。
酸洗后應向系統中補加新鮮水，同時從排污口排放酸洗廢液，以降低系統中水的濁度和鐵離子濃度。然后加入少量的碳酸鈉中和殘余的酸，為下一步的預膜打好基礎。
（3）預膜
預膜完后將高濃度的預膜水仍用邊補水邊排水的方式稀釋，控制稀釋到總磷值為10mg/L左右即可。
