冷庫內存放的物品多數都是食品，冷庫因為需要經常進出貨物。不可避免地會有細菌進人到冷庫中，雖然冷庫內的溫度很低細菌不容易生長，但時間長了細菌還是會滋生。使冷庫產生異味，讓食品受到污染。所以冷庫內的消毒工作就非常必要了。
冷庫庫房內部的消毒要求是：為做好冷庫衛生管理工作，保證食品和烹飪原料的冷藏質量，要定期(每月一次)進行冷庫衛生消毒工作。冷庫進行除霉殺霉與消毒操作時，可先用酸類消毒劑進行消毒處理。酸類消毒劑的殺菌作用主要是凝固菌體中的蛋白。常有的消毒劑有乳酸、過氧己酸、漂白粉、福爾馬林等。
