食品依殺滅微生物指標(biāo)的不同有低溫殺菌及高溫滅菌兩種。低溫殺菌一般熱處理溫度為60-85℃，目的在制冷保鮮或延長產(chǎn)品貯藏期限，產(chǎn)品經(jīng)熱處理后一般仍需冷藏；而高溫滅菌則在110-130℃，目的在產(chǎn)品經(jīng)熱處理后可常溫貯存。食品微波殺菌的主要優(yōu)點是殺菌時間可大為縮減，尤其以低溫殺菌最明顯，約為傳統(tǒng)殺菌釜所需時間的1/10，高溫殺菌則約為1/3。目前商業(yè)化量產(chǎn)微波殺菌系統(tǒng)主要用在新鮮面條、面包及調(diào)理餐食的生產(chǎn)。
雖然瓶裝的啤酒、牛乳及水果片或果汁曾被研究過以微波低溫殺菌效果不錯且品質(zhì)較好，但由于商業(yè)設(shè)計出來的設(shè)備太復(fù)雜且成本太高，一直未被成功地運用。但在歐洲，兩個成功的例子即面包及酸乳酪已商業(yè)化。由于14-17MHz微波可抑制霉菌生長，包裝的切片面包以微波加熱至60℃，貯藏10d不會長霉，但不處理者僅可放2一3d。依據(jù)此發(fā)現(xiàn)，其商業(yè)化設(shè)備使用2 450MHz(8OkW)微波加熱已包裝好的面包1一2min，溫度可從20℃升至80℃，且保存期限延長至2-3個月。另一例Bach pmcc是以27.12MHz(4OkW)和50MHz(8kW)雙頻率的微波來低溫滅菌酸乳酪，這是由于使用兩者任一種頻率皆無法均勻加熱，故以低頻段加熱杯身，而以高頻段加熱杯頂上部空隙。另有以微波低溫殺菌全液蛋或液蛋白至85℃，然后迅速冷卻至10℃以下，再無菌包裝的方法，最近微波已用在新鮮面條等的低溫殺菌。
微波加熱的注意事項：①設(shè)法均勻加熱；②留意加熱設(shè)備內(nèi)的產(chǎn)品負(fù)載量，使反射波保持在最少的狀況；③注意金屬的影響，大金屬片會遮蔽微波，影響加熱效果；至于尖銳物，電能會在其尖端部位產(chǎn)生加熱、放電現(xiàn)象；④防止微波外泄并遵守安全規(guī)定。
微波殺菌應(yīng)注意事項：①殺菌溫度和時間：不同菌有不同的耐熱性，因此殺菌值需足夠；微波加熱時受熱體表面較易蒸發(fā)冷卻，若兼用遠(yuǎn)紅外線或熱風(fēng)等其他加熱方式以保持表面溫度，效果更佳；②容器：微波容器與包裝材料本身不易產(chǎn)生高溫，附著于其上的細(xì)菌容易幸存，所以可采用上述表面加溫的方式或另行殺菌處理；另外，包裝材料及其印刷均應(yīng)避免使用金屬箔或金屬粉，以防止產(chǎn)生燒焦現(xiàn)象；③水分：干燥狀況的細(xì)苗與霉菌孢子抵抗力較強，因此水分較少的干燥食品，微波殺菌效果不良。
此外，某些產(chǎn)品以微波殺菌較傳統(tǒng)加熱殺菌效果好，但對其他產(chǎn)品則未必。產(chǎn)品如冷藏新鮮面條以傳統(tǒng)熱媒如蒸汽或熱水做表面低溫殺菌處理再充氣包裝，其保存期約45d，但以工業(yè)微波殺菌系統(tǒng)可延長至120d。采用工業(yè)用微波殺菌系統(tǒng)時，應(yīng)考慮產(chǎn)品的特色或品質(zhì)是否無法以其他方法制造出來，且可使生產(chǎn)成本有效降低。因為_工業(yè)用微波殺菌設(shè)備價格不低，為精簡能源消耗及提升產(chǎn)品品質(zhì)，一種可行的辦法是與其他熱源，如熱風(fēng)或蒸汽等結(jié)合，各取優(yōu)缺點，相輔相成。
