由于氣調冷藏庫的建筑、設備的特殊性，氣調冷藏庫的安全管理也是十分重要的工作。
(1)庫房圍護結構的安全管理：氣調冷藏庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內外溫度的變化以及在氣調設備的運行中，都可能引起庫房圍護結構兩側壓差變化。壓差值超過一定限度就會破壞圍護結構，這點不可因氣調冷藏庫設置了安全閥和緩沖貯氣袋就可以掉以輕心。
(2)人身安全管理：要求氣調冷藏庫的操作、管理人員，一定要掌握安全知識。氣調冷藏庫內氣體不能維持人的生命，不可像出入其他冷藏庫那樣冒然進入氣調冷藏庫；必須熟練使用呼吸裝置。
為了更好地保證人身安全，必須制定下列管理措施，以防止發生人身傷亡事故：①在每扇氣調冷藏庫的氣密門上，書寫醒目的危險標志：“危險!庫內缺氧，未戴氧氣罩者嚴禁入內!”。封庫后，氣密門及其小門應加鎖，以防止閑雜人員誤入。②需進入氣調冷藏庫維修設備或檢查貯藏質量時，需兩人同行，均戴好呼吸裝置后，一人入庫，一人在觀察窗外觀察，嚴禁兩人同時入庫作業。③至少要準備兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查其可靠性。④開展經常性的安全教育，使所有的操作管理人員樹立強烈的安全意識。
